El Rectorado es responsable de la dirección de los asuntos académicos y administrativos de la Universidad, observando la normativa aplicable en Paraguay y Alemania, los estatutos, las decisiones del Consejo Superior y del Senado Académico.
El Rectorado está compuesto por el rector, el Prof. Dr. Dipl.-Ing. Pedro Galván y en Secretaría General se encuentra la Ing. Rosalba Núñez. Para remitir notas a rectorado se puede enviar a secretaria.rectorado@upa.edu.py
En la Universidad se encuentran dos Facultades que llevan adelante las carreras. Las mismas son Facultad de Ciencias de la Ingeniería y la Facultad de Ciencias Empresariales.
El decano de la Facultad de Ciencias Empresariales es el Dr. Alberto Saucedo. Para remitir correos al decano puede hacerlo a alberto.saucedo@upa.edu.py
El decano de la Facultad de Ingeniería es el Dr. Eladio Martínez Toro. Para remitir correos al decano puede hacerlo a eladio.martinez@upa.edu.py
La Universidad Paraguayo Alemana es una Universidad que se ajusta al estándar de calidad alemán para mantener su acreditación alemana. En los sistemas universitarios anglosajones y noreuropeos se denomina professor exclusivamente a los académicos con posiciones permanentes que enseñan e investigan a nivel universitario.
El proceso de obtención de este título académico consiste en un llamado a concurso, un comité de selección y una evaluación que el docente deben aprobar. Una vez finalizado el proceso, y aprobado por Senado Académico, la Universidad expide el título de professor al docente.
La Universidad Paraguay Alemana cuenta con un amplio staff de professors y docentes internacionales que vienen a Paraguay para enseñar módulos a los estudiantes de la UPA. El plantel tiene origen en países como Suiza, Alemania y Holanda.
Además, algunos módulos se imparten en alemán para poder afianzar el idioma antes de ir a realizar los módulos y las pasantías en Alemania. Todo esto como parte de la filosofía de la interculturalidad y preparación para que los viajantes puedan tener un correcto desarrollo de sus competencias.